 
|
کیت آماده سازی کتابخانه DNA سریع پلتفرم توالی یابی MGI با توان عملیاتی بالا
جزئیات محصول:
| محل منبع: | چین |
| نام تجاری: | GDSBio |
| گواهی: | ISO9001, ISO13485 |
| شماره مدل: | KM001-A، KM001-B |
پرداخت:
| مقدار حداقل تعداد سفارش: | 1 جعبه |
|---|---|
| جزئیات بسته بندی: | بسته بندی کوچک یا توزیع فله یا OEM |
| زمان تحویل: | 8 روز کاری |
| شرایط پرداخت: | L/C، D/A، D/P، T/T، Western Union، MoneyGram |
| قابلیت ارائه: | 10000 جعبه/جعبه در روز |
|
اطلاعات تکمیلی |
|||
| موجودی: | آره | گربه خیر: | KM001-A، KM001-B |
|---|---|---|---|
| مشخصات: | KM001-A/24 rxns; KM001-B/96 rxns | ظاهر: | مایع شفاف |
| پلت فرم توالی: | MGI | نوع نمونه: | DNA |
| چاپ لوگو: | با چاپ لوگو | بسته حمل و نقل: | بسته بندی |
| ماندگاری: | 12 ماه | شرایط نگهداری: | -20 درجه سانتی گراد |
| برجسته: | لوله انتقال ویروس یکبار مصرف,لوله انتقال ویروس VTM,لوله آزمایش vtm با سواب |
||
توضیحات محصول
کیت آماده سازی کتابخانه سریع DNAبرای MGI
[نام محصول]
کیت آماده سازی کتابخانه DNA سریع برای MGI
[گربهشماره/مشخصات.]
KM001-A/24 rxns;KM001-B/96 rxns;گونی نمونه/ 6 rxns
[توضیحات محصول]
این کیت با هدف پلتفرم توالی یابی با توان بالای MGI، یک طرح ساخت کتابخانه DNA راحت و جهانی را در یک لوله ارائه می دهد.این تعمیرات پایانی و A-Tailing را در یک مرحله ترکیب می‌کند، و معرف‌ها به شدت از قبل مخلوط می‌شوند، که زمان ساخت کتابخانه را بسیار کوتاه می‌کند و خطای ناشی از مراحل خسته‌کننده را کاهش می‌دهد.آماده سازی نهایی، بستن آداپتور، تقویت و خالص سازی DNA دو رشته ای تکه تکه شده را می توان در عرض حدود 2 ساعت انجام داد.کمی سازی کامل کتابخانه ای را می توان با روش رنگ فلورسنت dsDNA (به عنوان مثال، فلورومتر Thermo Qubit Flex) یا PCR کمی سازی مطلق پس از رقیق کردن کتابخانه تا غلظت مناسب انجام داد.
[نوع نمونه]
| کاربرد | نوع نمونه | مقدار توصیه شده |
| توالی یابی کل ژنوم | ژنوم های پیچیده با کیفیت بالا | 50ng-1μg |
| توالی گرفتن هدف کل اگزوم | ژنوم های پیچیده با کیفیت بالا | 10ng-1μg |
| توالی گرفتن هدف کل ژنوم | FFPE DNA | ≥50 نانوگرم |
| توالی گرفتن هدف کل ژنوم | cfDNA/ctDNA | ≥100 pg |
| توالی یابی کل ژنوم | ژنوم میکروبی | 1ng-1μg |
| ChiP-Seq | DNA تراشه | ≥100 pg |
| توالی هدفمند | آمپلیکون | ≥100 pg |
[شرایط نگهداری و ماندگاری]
تمام معرف ها باید در دمای 20- درجه سانتیگراد نگهداری شوند.بافر بستن برای رسوب کریستال ها در دماهای پایین طبیعی است، قبل از استفاده باید در دمای اتاق متعادل شود.مدت اعتبار محصول 12 ماه می باشد.
[اجزاء]
| جزء | 24 rxns | 96 rxns |
| پایان تعمیر و مخلوط A-Tailing | 480 میکرولیتر | 4×480 میکرولیتر |
| DNA لیگاز سریع | 120 میکرولیتر | 2×240 میکرولیتر |
| بافر بستن سریع | 600 میکرولیتر | 4×600 میکرولیتر |
| 2× HIFI Library PCR Master Mix | 600 میکرولیتر | 4×600 میکرولیتر |
| مخلوط پرایمر برای MGI* | 120 میکرولیتر | 480 میکرولیتر |
* در صورت وجود بیش از یک نمونه، مخلوط پرایمر آداپتور #KM002 و #KM003 توصیه می شود.این کیت مجموعه ای از پرایمرها را ارائه می دهد که توالی پرایمر به شرح زیر است:
5'-TGTGAGCCAAGGAGTTG-3'
5'-GAACGACATGGCTACGA-3'
توجه: دانه‌های انتخابی توصیه‌شده: #NC1011 GDSPure DNA Selection Magbeads یا AMPure XP beads.
[یادداشت]
1. ما دو نوع مجموعه پرایمر آداپتور جهانی (#KM002 و #KM003، خریداری شده جداگانه) را ارائه می‌دهیم، اما مشتریان همچنین می‌توانند از بین تولیدکنندگان دیگر انتخاب کنند یا آداپتور خود را برای پلت فرم توالی MGI سنتز کنند.آداپتور بیش از حد منجر به تشکیل دایمر آداپتور می شود و آداپتور ناکافی منجر به خروجی کتابخانه کم می شود.بنابراین، غلظت مناسب آداپتور، غلظت و کیفیت کتابخانه را تعیین می کند.غلظت آداپتور توصیه شده برای مقادیر مختلف ورودی DNA در جدول زیر نشان داده شده است:
جدول 1 غلظت استفاده توصیه شده از آداپتور
| ورودی DNA | Conc توصیه شدهبرای آداپتور | آداپتور: درج نسبت مول | درجات رقیق سازی آداپتور GDS* |
| 1 میکروگرم | 10μM | 10:1 | بدون رقیق سازی |
| 500 نانوگرم | 10μM | 20:1 | بدون رقیق سازی |
| 250 نانوگرم | 10μM | 40:1 | بدون رقیق سازی |
| 100 نانوگرم | 7.5 میکرومتر | 100:1 | 3:4 |
| 50 نانوگرم | 5μM | 200:1 | 1:2 |
| 25 نانوگرم | 2.5 میکرومولار | 200:1 | 1:4 |
| 1 نانوگرم | 1μM | 200:1 | 1:10 |
* به عنوان نسبت حجم آداپتور به رقیق کننده بیان می شود
2. آنزیم مورد استفاده در 2× HIFI Library PCR Master Mix یک DNA پلیمراز خانواده B است که دارای 5 فعالیت اگزونوکلئاز '-3' و 3 '-5' اگزونوکلئاز است، اما فاقد 5 فعالیت اگزونوکلئاز '-3' است.دارای وفاداری و همگنی بالا و توانایی سنتز پایدار قوی است.کنترل دقیق تعداد چرخه های تقویت به ویژه برای خروجی کتابخانه مهم است.جدول زیر تعداد توصیه شده چرخه های تقویت مربوط به مقادیر مختلف ورودی DNA را نشان می دهد:
جدول 2 تعداد سیکل های تقویتی توصیه شده مربوط به ورودی های نمونه مختلف
| DNA ورودی | تعداد سیکل های تقویتی توصیه شده | |
| کتابخانه 100ng | کتابخانه 1 میکروگرم | |
| 1 میکروگرم | 0 | 2-5 |
| 500 نانوگرم | 0 | 2-5 |
| 250 نانوگرم | 1-3 | 5-7 |
| 100 نانوگرم | 2-4 | 6-8 |
| 50 نانوگرم | 4-6 | 8-10 |
| 25 نانوگرم | 5-7 | 9-12 |
| 10 نانوگرم | 7-9 | 11-13 |
| 5 نانوگرم | 9-11 | 13-14 |
| 2.5 نانوگرم | 10-12 | 14-16 |
| 1 نانوگرم | 11-13 | 15-17 |
نکته: 1. جدول بالا نتایج آزمایش را با استفاده از DNA استاندارد 150 جفت باز نشان می دهد که فقط برای مرجع است.
2. در صورت استفاده از کانکتورهای ناقص، حداقل تعداد چرخه (1-3) باید تقویت شود تا یک کتابخانه کامل به دست آید.
3. اگر کیفیت DNA ورودی ضعیف باشد، یا انتخاب اندازه در طول ساخت کتابخانه انجام شود، تعداد چرخه های تقویت باید به طور مناسب افزایش یابد.
[فرایند ساخت کتابخانه استاندارد]
پایان تعمیر
توجه: اگر قبل از این مرحله DNA تکه تکه شده بیش از 45 میکرولیتر باشد یا بافر با بافر ترمیم انتهایی ناسازگار باشد، ابتدا باید خالص سازی مهره مغناطیسی انجام شود.
1. واکنش زیر را در یک لوله PCR 200 میکرولیتری آماده کنید:
| معرف ها | جلد |
| DNA تکه تکه شده | متغیر |
| پایان تعمیر و مخلوط A-Tailing | 20 میکرولیتر |
| ddH2O | تا 65 میکرولیتر |
2. به آرامی ورتکس کنید و برای مدت کوتاهی به سمت پایین بچرخانید تا خوب مخلوط شود، برای مدت کوتاهی سانتریفیوژ کنید و تمام مایع را تا انتهای لوله جمع کنید.
3. واکنش زیر را در یک سیکلر حرارتی انجام دهید:
| درجه حرارت | زمان |
| 20 درجه سانتی گراد | 15 دقیقه |
| 65 درجه سانتی گراد | 15 دقیقه |
| 4 درجه سانتی گراد | ∞ |
آداپتور Lآبگیری
1. واکنش بستن را در اسرع وقت پس از پایان آماده سازی ادامه دهید.
2. آداپتور را مطابق جدول 1 رقیق کنید.
3. سیستم واکنش زیر را آماده کنید:
| معرف ها | جلد |
| محصولات پایان تعمیر و A-Tailing | 65 میکرولیتر |
| بافر بستن سریع | 25 میکرولیتر |
| DNA لیگاز سریع | 5 میکرولیتر |
| آداپتور X برای MGI | 5 میکرولیتر |
| جمع | 100 میکرولیتر |
4. به آرامی ورتکس کنید و برای مدت کوتاهی به سمت پایین بچرخانید تا خوب مخلوط شود، برای مدت کوتاهی سانتریفیوژ کنید و تمام مایع را تا انتهای لوله جمع کنید.
5. واکنش زیر را در یک سیکلر حرارتی انجام دهید:
| درجه حرارت | زمان |
| 20 درجه سانتی گراد | 15 دقیقه |
| 4 درجه سانتی گراد | ∞ |
توصیه شدهاسراه حل برایپاکسازی PCR/انتخاب سایز(حجم مهره مغناطیسی خاص باید با توجه به نمونه واقعی تنظیم شوداندازه)
1. محصولات بستن 100 میکرولیتری را در یک لوله سانتریفیوژ مناسب آماده کنید.
2. 100 میکرولیتر از دانه های مغناطیسی انتخاب DNA معلق مجدد را به نمونه اضافه کنید.10 بار با پیپت به آرامی باد بزنید (یا 30 ثانیه گرداب کنید).نمونه ها را به مدت 5 دقیقه در دمای اتاق انکوبه کنید.
3. لوله را روی یک قفسه مغناطیسی مناسب قرار دهید تا دانه ها از مایع رویی جدا شوند.هنگامی که محلول شفاف شد، مایع رویی را با احتیاط خارج کرده و با پیپت دور بریزید (دانه ها را دور نریزید).
4. 200 میکرولیتر اتانول 80 درصد تازه آماده شده را در حالی که در قفسه مغناطیسی قرار دارید به لوله اضافه کنید.در دمای اتاق به مدت 30 ثانیه انکوبه کنید و سپس مایع رویی را با دقت خارج کرده و دور بیندازید (دانه ها را مزاحم نکنید).
5. مرحله 4 را یک بار برای مجموع دو شستشو تکرار کنید.
توجه: پس از شستشوی دوم حتماً تمام مایع قابل مشاهده را بردارید.
6. در حالی که لوله روی قفسه مغناطیسی با درب باز است، مهره ها را با هوا خشک کنید تا سطح مهره های مغناطیسی براقیت آشکاری نداشته باشد.
توجه: مهره ها را بیش از حد خشک نکنید، این ممکن است منجر به بازیابی کمتر DNA شود.وقتی مهره ها شروع به ترک خوردن می کنند، خیلی خشک می شوند.
7. لوله را از قفسه مغناطیسی خارج کنید.22 میکرولیتر بافر شستشو (10 میلی مولار Tris-HCl، pH8.0-8.5) به لوله اضافه کنید.با پیپت کردن حداقل 10 بار بالا و پایین یا روی میکسر ورتکس به مدت 30 ثانیه خوب هم بزنید.به مدت 3-5 دقیقه در دمای اتاق انکوبه کنید.
8. لوله را روی قفسه مغناطیسی قرار دهید.پس از 5 دقیقه (یا زمانی که محلول شفاف است)، 20 میکرولیتر مایع رویی را به یک لوله جدید منتقل کنید.انتخاب کامل شده است و DNA انتخاب شده را می توان برای آزمایش های بعدی استفاده کرد یا برای مدت طولانی در دمای 20- درجه سانتی گراد نگهداری کرد.
تقویت کتابخانه
1. واکنش زیر را در یک لوله PCR 200 میکرولیتری آماده کنید:
| معرف ها | جلد |
| محصولات بستن پس از پاکسازی یا انتخاب اندازه | 20 میکرولیتر |
| 2× HIFI Library PCR Master Mix | 25 میکرولیتر |
| مخلوط پرایمر برای MGI | 5 میکرولیتر |
| جمع | 50 میکرولیتر |
2. به آرامی ورتکس کنید و برای مدت کوتاهی به سمت پایین بچرخانید تا خوب مخلوط شود، برای مدت کوتاهی سانتریفیوژ کنید و تمام مایع را تا انتهای لوله جمع کنید.
3. واکنش زیر را در یک سیکلر حرارتی انجام دهید:
| درجه حرارت | زمان | شماره چرخه |
| 95 درجه سانتی گراد | 3 دقیقه | 1 |
| 98 درجه سانتی گراد | 20 ثانیه |
طبق جدول 2 تعداد مناسب چرخه را انتخاب کنید |
| 60 درجه سانتی گراد | 15 ثانیه | |
| 72 درجه سانتی گراد | 30 ثانیه | |
| 72 درجه سانتی گراد | 5 دقیقه | 1 |
| 4 درجه سانتی گراد | ∞ | - |
توصیه شدهاسراه حل برایپاکسازی PCR/انتخاب سایز(حجم مهره مغناطیسی خاص باید با توجه به نمونه واقعی تنظیم شوداندازه)
1. محصولات بستن 50 میکرولیتری را در یک لوله سانتریفیوژ مناسب آماده کنید.
2. 45 میکرولیتر از دانه های مغناطیسی انتخاب DNA معلق مجدد را به نمونه اضافه کنید.10 بار با پیپت به آرامی باد بزنید (یا 30 ثانیه گرداب کنید).نمونه ها را به مدت 5 دقیقه در دمای اتاق انکوبه کنید.
3. لوله را روی یک قفسه مغناطیسی مناسب قرار دهید تا دانه ها از مایع رویی جدا شوند.هنگامی که محلول شفاف شد، مایع رویی را با احتیاط خارج کرده و با پیپت دور بریزید (دانه ها را دور نریزید).
4. 200 میکرولیتر اتانول 80 درصد تازه آماده شده را در حالی که در قفسه مغناطیسی قرار دارید به لوله اضافه کنید.در دمای اتاق به مدت 30 ثانیه انکوبه کنید و سپس مایع رویی را با دقت خارج کرده و دور بیندازید (دانه ها را مزاحم نکنید).
5. مرحله 4 را یک بار برای مجموع دو شستشو تکرار کنید.
توجه: پس از شستشوی دوم حتماً تمام مایع قابل مشاهده را بردارید.
6. در حالی که لوله روی قفسه مغناطیسی با درب باز است، مهره ها را با هوا خشک کنید تا سطح مهره های مغناطیسی براقیت آشکاری نداشته باشد.
توجه: مهره ها را بیش از حد خشک نکنید، این ممکن است منجر به بازیابی کمتر DNA شود.وقتی مهره ها شروع به ترک خوردن می کنند، خیلی خشک می شوند.
7. لوله را از قفسه مغناطیسی خارج کنید.22 میکرولیتر بافر شستشو (10 میلی مولار Tris-HCl، pH8.0-8.5) به لوله اضافه کنید.با پیپت کردن حداقل 10 بار بالا و پایین یا روی میکسر ورتکس به مدت 30 ثانیه خوب هم بزنید.به مدت 3-5 دقیقه در دمای اتاق انکوبه کنید.
8. لوله را روی قفسه مغناطیسی قرار دهید.پس از 5 دقیقه (یا زمانی که محلول شفاف است)، 20 میکرولیتر مایع رویی را به یک لوله جدید منتقل کنید.انتخاب کامل شده و DNA انتخاب شده را می توان در دمای 2-8 درجه سانتیگراد به مدت 1-2 هفته یا در دمای 20- درجه سانتیگراد برای مدت طولانی نگهداری کرد.
[پیوست] طرح پیشنهادی برای انتخاب دو طرفه
اگر انتخاب دو دور مورد نیاز است، ما طرح زیر را برای انتخاب حجم مهره مغناطیسی مناسب با توجه به اندازه کتابخانه مورد انتظار ارائه می دهیم.انتخاب اندازه را می توان قبل از تعمیر نهایی یا پس از تقویت انجام داد.انتخاب دو یا چند دور دوتایی بازده کتابخانه را تا حد زیادی کاهش می دهد.
حجم کتابخانه در جدول زیر را تا 100 میکرولیتر پر کنید.حجم دانه های مغناطیسی را در دو دور با توجه به اندازه کتابخانه مورد انتظار انتخاب کنید.و عملیات انتخاب را طبق دستورالعمل زیر انجام دهید.
جدول 3 مقدار توصیه شده دانه های مغناطیسی برای انتخاب دوتایی
| اندازه کتابخانه مورد انتظار | 150bp | 200bp | 250bp | 300bp | 400bp | 500bp | 600bp | 700bp | |
| حجم دانه ها (μl) | دور 1 | 100 | 90 | 80 | 70 | 60 | 55 | 50 | 45 |
| دور 2 | 30 | 20 | 20 | 20 | 20 | 15 | 15 | 15 | |
1. حجم کتابخانه را تا 100 میکرولیتر در یک لوله PCR 200 میکرولیتری پر کنید و با برچسب A مشخص کنید. طبق جدول 3 (دور 1) حجم مشخصی از دانه های مغناطیسی را به لوله A اضافه کنید. به آرامی با یک پیپت به مدت 30 ثانیه باد کنید.نمونه ها را به مدت 5 دقیقه در دمای اتاق انکوبه کنید.
2. لوله A را روی یک قفسه مغناطیسی مناسب قرار دهید تا دانه ها از مایع رویی جدا شوند.هنگامی که محلول شفاف شد، مایع رویی را با دقت در یک لوله جدید بردارید و آن را با عنوان B علامت گذاری کنید. دانه ها را دور بریزید.
3. طبق جدول 3 (دور 2) حجم مشخصی از دانه های مغناطیسی را به لوله B اضافه کنید. به آرامی با پیپت به مدت 30 ثانیه باد کنید.نمونه ها را به مدت 5 دقیقه در دمای اتاق انکوبه کنید.لوله B را روی قفسه مغناطیسی قرار دهید.وقتی محلول شفاف شد، مایع رویی را با دقت خارج کرده و دور بریزید.
4. 200 میکرولیتر اتانول 80% تازه آماده شده را در حالی که در قفسه مغناطیسی قرار دارید به لوله B اضافه کنید.در دمای اتاق به مدت 30 ثانیه انکوبه کنید و سپس مایع رویی را با دقت خارج کرده و دور بیندازید (دانه ها را مزاحم نکنید).
5. مرحله 6 را یک بار برای مجموع دو شستشو تکرار کنید.
توجه: پس از شستشوی دوم حتماً تمام مایع قابل مشاهده را بردارید.
6. مهره ها را با هوا خشک کنید تا سطح مهره های مغناطیسی در حالی که لوله B با درب باز روی قفسه مغناطیسی قرار دارد، براقیت آشکاری نداشته باشد.
توجه: مهره ها را بیش از حد خشک نکنید، این ممکن است منجر به بازیابی کمتر DNA شود.وقتی مهره ها شروع به ترک خوردن می کنند، خیلی خشک می شوند.
7. لوله B را از قفسه مغناطیسی خارج کنید.22 میکرولیتر بافر شستشو را به لوله اضافه کنید.با پیپت کردن حداقل 10 بار بالا و پایین یا روی میکسر ورتکس به مدت 30 ثانیه خوب هم بزنید.به مدت 3-5 دقیقه در دمای اتاق انکوبه کنید.
توجه: اگر گرفتن هدفمند انجام نمی شود، بافر شستشو (10 میلی مولار Tris-HCl، ph 8.0-8.5) را برای شستشو اضافه کنید.در غیر این صورت باید از آب فوق خالص استریل شده برای شستشو استفاده شود.
- لوله B را روی قفسه مغناطیسی قرار دهید.20 میکرولیتر مایع رویی را به یک لوله جدید انتقال دهید.
فقط برای استفاده تحقیقاتی
GDSBio یک شرکت با فناوری پیشرفته است که بر تحقیق و توسعه، تولید و فروش محصولات علوم زیستی با کیفیت بالا تمرکز دارد.این شرکت دارای یک خط تولید کامل، با فناوری PCR به عنوان هسته، با تمرکز بر PCR عمومی، PCR کمی فلورسانس، ذخیره سازی NGS، الکتروفورز اسید نوکلئیک و سایر فناوری های زیست شناسی مولکولی است و معرف های تحقیقاتی مولکولی، مواد اولیه تشخیصی مولکولی در شرایط آزمایشگاهی را توسعه داده است. معرف های استخراج و تشخیص اسید نوکلئیک و سایر محصولات.